Vinicius, funciona da seguinte maneira, quando vc pede a mercadoria para ser revendida a ST acontece normalmente ok
exemplo merc.Revenda: merc= 100,00 icms op 12% = 12,00 IPI 5% = 5,00 MVA 65,28% CFOP.6.401
Base de calculo ST = 105,00 * 65,28% = 173,54
ST = 173,54 x 17% aliquota interna - icms operação = 17,50
Total = 100,00+5,00+17,50 = 122,50
exemplo merc.Consumo: merc= 100,00 icms op 12% = 12,60 IPI 5% = 5,00 CFOP.6.401
Base de calculo ST = 105,00
ST = 105,00 x 17% aliquota interna - icms operação = 5,25
Total = 100,00+5,00+5,25 = 110,25
repare que a base de calculo do icms op passou a 105,00 também.
Concluindo vc percebe que no segundo caso só existe o diferencial de aliquota cobrado a titulo de ST, por isso que não se fala mais em cobrar este diferencial.
Espero ter conseguido explicar neste exemplo prático.