Sheyla Lima do Nascimento, bom dia.
Neste caso entendo que não pode tratar como recusa de mercadoria, uma vez que tal situação presume-se que a(s) mercadoria(s) não entrou no estabelecimento destinatário.
Como houve apenas um item 'recusado', a empresa destinatária deve efetuar uma devolução dessa mercadoria através de NF-e própria.
Porém, caso a operação tenha se dado com destinatário não contribuinte do ICMS, então, a empresa emitente emitirá uma NF-e de entrada a título de devolução, com todos os requisitos para tal.