Marcos Camargo,
Bom dia!
Não há solução, no seu caso, para resolver a questão já passada.
Você trabalhou na ilegalidade. Como você mesmo já deve saber, comprar mercadorias sem a NF é ilegal.
Se você comprou sem NF, não há como vender com a emissão de NF, pois você não tem como comprovar a compra dos produtos que está vendendo.
Cuidado com esta opeeração pois, você pode, a título de exemplo, ser acusado de vender produtos oriundos de roubos ou contrabando, uma vez que não tem como comprovar a compra através de documentos fiscais idôneos.
O que você pode fazer é, a partir de agora, somente efetuar compras com a emissão de documentos fiscais e, fazer o mesmo com as suas vendas, recolhendo os impostos devidos.
O simples fato de seus clientes não exigirem a emissão de NF não o eximi desta obrigação.