Emissão de nota fiscal eletronica contra a própria empresa

Boa Tarde,
Trabalho em uma empresa que é cadastrada como contribuinte de ICMS mas sua atividade principal (CNAE) é prestação de serviço de manutenção. Para fins de prestação de serviço, temos que encaminhar até o estabelecimento do tomador localizado em outra unidade federativa, determinada máquina/equipamento que ficará lá instalada até o final da prestação de serviço. Esse tomador não é contribuinte de ICMS, ou seja, não está obrigado a emitir nota fiscal. Para fins de trânsito desses bens sou obrigado a emitir nota fiscal. Então vem a pergunta: a nota fiscal será emitida contra quem o tomador do serviço que não é contribuinte de ICMS ou contra nós mesmo? Para apimentar a questão - como se dará o retorno, lembrando que se trata de prestação de serviço em outro estado (operação interestadual)?
Obrigado.

Hoje me apareceu uma situação parecida. A empresa trabalha com vendas online e venda presencial. Ela não emitiu notas para as vendas online. Porém, Vou colocar os valores das vendas online na base de calculo dos impostos.
Gostaria de saber se a empresa emitir nota para ela mesma referente as vendas online, amenizaria a situação? Isto porque não posso lançar no sistema um valor manualmente! eu tenho que impostar o arquivo XML pelo fato da empresa estar obrigada a emissão de NFe!