Michele, bom dia.
Até onde eu sei, é como você disse. Uma vez o contribuinte na condição "não habilitado" resultará em denegação da NF-e.
Porém, penso que, deve-se atentar para o motivo dessa condição do contribuinte. Pode ocorrer, como já presenciei, da empresa baixar apenas a Inscrição Estadual, logo caracterizando a condição de "não habilitado", porém, para emissão da NF-e, ao invés de informar o número da IE, foi colocado como "isento" e validou e autorizou normalmente a NF-e.
Entretanto, caso seja uma situação semelhante a esta que expus, deve-se atentar para a atividade da empresa adquirente, quantidade da mercadoria adquirida, enfim... Para não caracterizar compra para revenda por uma empresa inapta para operações de comercialização.
Ainda há outras situações em que o contribuinte pode encontrar-se "não habilitado", incluindo no caso de possuir débitos junto a SEFAZ, conforme o colega mencionou, e, neste caso, assim que for quitado este débito e regularizada a situação do contribuinte junto a SEFAZ, não ocorrerá mais denegação da NF-e.