O sistema da sefaz não impede o cancelamento de nota fiscal, como já havia passado o prazo para cancelamento, o correto era entrar com processo administrativo na sefaz solicitando a autorização para o cancelamento, como isso não ocorreu, a empresa está sujeito a penalidades previstas no artigo 527, inciso IV, alínea Z1, do RICMS/SP:
IV - infrações relativas a documentos fiscais e impressos fiscais:
falta de solicitação de cancelamento de documento fiscal eletrônico, quando exigido pela legislação, ou solicitação de cancelamento desses documentos após transcurso do prazo regulamentar - multa equivalente a 10% (dez por cento) do valor da operação ou prestação constante do documento, nunca inferior a 15 (quinze) UFESPs, por documento ou impresso; no caso de solicitação após transcurso do prazo regulamentar, multa equivalente a 1% (um por cento) do valor da operação ou prestação constante do documento, nunca inferior a 6 (seis) UFESPs, por documento ou impresso;Acrescentado pelo Decreto n° 55.437/2010 (DOE de 18.02.2010), efeitos a partir de 23.12.2009