Boa tarde Alessandro.
Não irei ter uma base legal para te passar, mas vamos a um raciocínio rápido.
Suponhamos que uma empresa altere de endereço e vá para outra cidade, de outro estado até. Sua IE irá alterar, mas seu CNPJ irá continuar o mesmo, semelhante a sua situação. Neste caso, a numeração irá continuar, pois no meu entender está atrelada ao CNPJ.
Aplicando este raciocínio a sua situação, independente de ter baixado uma IE e aberto uma nova, permanecendo com o mesmo CNPJ, o meu entendimento é que a numeração irá continuar a mesma, pois o âmbito da NFe é nacional, e não somente estadual.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."