Remessa de mercadoria para depósito fechado

Prezados bom dia,

Estou com uma situação em uma empresa e gostaria de uma orientação, caso já tenha acontecido algo parecido com algum de vocês.

Tenho uma empresa que possui a matriz que faz revenda de produtos para presentes, utensílios domésticos e etc... a mesma abriu uma filial com finalidade de guardar mercadorias (Estoque), como toda operação deve ser registrada com NF-e orientamos o seguinte.

Quando enviar mercadorias para guardar no depósito emitir uma NF-e pela matriz:

CFOP 5.905 (Remessa para depósito fechado ou armazém geral)
Matriz------>> Filial

Quando for trazer mercadorias do depósito para a matriz emitir uma nova NF-e pela filial:

CFOP 5.906 (Retorno de mercadoria depositada em depósito Fechado ou Armazém Geral)
Filial------->> Matriz

Essa deveria ser a operação correta, porém a cliente não tem sistema no depósito e emitiu os retornos erroneamente pela própria matriz da seguinte forma:

CFOP 5.905 (Remessa para depósito fechado ou armazém geral)
Matriz------>> Filial

CFOP 5.906 (Retorno de mercadoria depositada em depósito Fechado ou Armazém Geral)
Matriz--------->> Matriz (Neste caso ela deveria ter informado 0 (Entrada), mas ficou como 1 (Saída), ou seja, o mesmo produto saiu duas vezes da matriz.

Bom dia

Nesse caso vc deveria observar o prazo de cancelamento da NFE que saiu com 5906.

Se o prazo de 7 dia ja passou, voce pode emitir uma nota de estorno de nf e não cancelada no prazo legal

Bom dia Alex,

Acontece que essas notas de retorno que ficaram erradas são do mês 02/2017, ou seja, não posso cancela-las, e se eu fizer estorno anulando essa operação, de todo modo meu estoque vai ficar todo errado, principalmente o do depósito (Filial) já que não existe saída dessas mercadorias.