Boa tarde Priscilla,
Dependendo do regime tributário de sua empresa, o artigo 117, incisos I e II (para empresas RPA) e o artigo 115, inciso XV-A, alínea "a",(para empresas do simples nacional) ambos do RICMS/SP tratam sobre a diferença entre as alíquotas interestadual e a interna, somente neste caso há o imposto, excetuando casos de antecipação do ICMS por substituição tributária disposto no artigo 426-A do mesmo regulamento.
Se a NFe não veio com o imposto, peço verificar com o cliente se o mesmo possui isenção ou não incidência, pois desta forma fica dispensado do recolhimento, a contrário dito, solicite informações se o fornecedor emitiu erroneamente.