Elaine, boa tarde
A NFe não alterou a forma de escrituração das operações fiscais. Vc deverá emitir a NFe de entrada da mesma forma que emitia com a NF em papel.
O que dificulta é realmente o fato de, na maioria dos casos, ser o despachante o emitente do documento fiscal. Trabalho numa empresa desenvolvedora de software e alguns de nossos clientes optaram por criar uma série específica para a NFe e deixar um certificado digital com o despachante para que proceda a emissão, o que é um certo risco (deixar o certificado nas mãos de terceiros).
Em outros casos, criamos uma interface entre nosso software com o software do despachante, assim este emite a NFe, mas a transmissão é por conta do nosso cliente.
E outros optaram por eles mesmos emitirem a NFe. O despachante cria um espelho da nota e eles emitem e transmitem a Sefaz.
Enfim, são os casos que tenho experiência.
abçs