Gabriel, boa tarde!
Com base nas perguntas e respostas do portal da nota eletrônica é possível registrar um evento de Confirmação da Operação visto que é válida a ultima mensagem registrada.
Base:
É possível reconsiderar o registro de um destes eventos?
O destinatário poderá enviar uma única mensagem de Confirmação da Operação, Desconhecimento da Operação ou Operação não Realizada, valendo apenas a última mensagem registrada. Exemplo: o destinatário pode desconhecer uma operação que havia confirmado inicialmente ou confirmar uma operação que havia desconhecido inicialmente.
O evento de "Ciência da Emissão" não configura a manifestação final do destinatário, portanto não cabe o registro deste evento após a manifestação final do destinatário.
Link: www.nfe.fazenda.gov.br