compra sem nota fiscal

ola, comprei umas mercadoria e elas nao vem a NFe, o que acontece se eu emitir uma NFe para consumidor final? minha empresa é LTDA-ME

Se sua empresa for do SIMPLES estas compras não vão interferir no fechamento fiscal, mas a falta delas interferem no fechamento contábil, pois empresas do SIMPLES também fazem a contabilidade (simplificada). Se sua empresa não for do SIMPLES, a empresa está deixando de tomar crédito destas mercadorias adquiridas.
O fato de não registrar as notas é um erro, independente da situação.