Série de NFe iniciada incorretamente

Tivemos um grande problema com meu sistema, o mesmo iniciou uma nova série nova de  NFe , não sabemos exatamente o que houve, mas o problema está ai.

utilizamos a serie 1 e começou a emitir serie 2, até que fosse percebido foram emitidos 50 notas de comodato . não há mais prazo para cancelamentos então, o que pode ser feito ? HELP

Deixe como 2.
As séries servem para distinção de critérios, se apenas existe uma única série, deixe assim, mas na impossibilidade, acerte o sistema e lavre termo no Mod. 6 de Ocorrência.
O passado não deve ser transformado, pois se seguiram como 2, deverá ser tratado como 2, mas o futuro pode acertar.

Boa tarde Josue e Telma,

Talvez seria viável comunicar essa "irregularidade" à Repartição Fiscal da SEFAZ do seu Estado somente para se eximir de qualquer aplicação de autuação ou penalidade.