Nota fiscal de serviço eletronica

Boa tarde colegas, se tiver alguém de Joinville que possa me auxiliar, agradeço.
Então somos tomadores de serviços de uma empresa de informatica da cidade de Joinville que pra nós faz somente programações de sistema, porém ele também tem o comércio que é o caso de conserto de computador, então ele tem a nota fiscal conjugada, porém entendo como ele prestou serviço deveria emitir uma nota fiscal de serviço eletrônica (NF-em) para tributar o ISS, mas ocorre que o mesmo faz emissão de uma NFe (CFOP 5.933) e dessa faz a conversão para a NF-em, conforme o mesmo é uma legislação, mas analisado todas não localizei nada que deverá proceder dessa forma.
Pois a NFe é um documento fiscal para escrituração e assim para não ter problema efetuo a manifestação de destinatário, mas gostaria de solucionar essa situação pois será um prestador mensal.