Transferência da filial para a Matriz

Eu estou com uma dúvida e agradeceria muito se vocês me ajudassem.Eu estou pretendendo abrir uma empresa (ME) no ramo de comércio atacadista, porém, estou querendo comprar os produtos com um representante de outro estado. O representante disse que se eu abrir uma filial na região que ele atua, ele poderá me atender. Minha dúvida é a seguinte: Eu terei despesas adicionais para transferir as mercadorias da filial (em outro estado) para a Matriz? Ele falou que eu teria que pagar o imposto ST, esse imposto eu só pago uma vez? Na transferência da filial para a Matriz eu pagarei mais impostos adicionais? Desde já agradeço!!

Boa tarde
Nesse caso, a FILIAL irá emitir uma NFe com o CFOP 6.152 destacando o ICMS com a alíquota  interestadual, referenciando a MATRIZ.
A MATRIZ ao receber a mercadoria deve escriturar a nota no CFOP 2.152 pagando a ANTECIPAÇÃO PARCIAL.
 Somente incidindo ICMS sobre a operação.
Se tratando de (Industria - fabricação) pode incidir IPI.