Olá Lucas
Não há o menor problema em emitir a NFe com dois CFOP´s, ou seja, você faz as duas operações numa única nota fiscal. Eu tenho clientes industriais que exigem de seus clientes que emitam as duas operações em notas separadas por questão de organização ou forma como o sistema ERP funciona, mas nada impede de se efetuar as duas operações com um único documento fiscal.
Quanto a questão de se imputar no total da NF o valor do retorno (valor igual a NF de remessa) não encontraremos explicitamente na legislação como deve ser precedido. Obvio que neste caso estamos falando apenas de operação em que se aplicou mão-de-obra. Se houver material do industrializador agregado não há dúvidas de que se tenha que totalizar a mercadoria na NF para fins de tributação.
Em nossa empresa sendo o caso de apenas aplicação da mão-de-obra , no retorno dos produtos industrializados ao estabelecimento autor da encomenda o valor dos insumos recebidos e incorporados ao produto final, deve ser igual ao valor dos insumos recebidos para industrialização, devendo constar na Nota Fiscal emitida no retorno da industrialização, no quadro \"Dados do Produto\", com o CFOP 5.902 ou 6.902 - Desse modo, o valor das mercadorias recebidas para industrialização será computado no valor total da Nota Fiscal emitida pelo estabelecimento industrializador. Mas esse é um entendimento que temos e aplicamos e nunca tivemos qualquer questionamento.
Porém já vi situação em que o retorno da mercadoria é demonstrado no campo "dados adicionais" e como total da NF apenas a cobrança do serviço.
atn