Olá, Bom Dia Cristiane!
Nada impedi de fazer isso com o programa do governo, porém deve-se ter um maior controle entre os dados para que não ocorra transtornos futuros. (Obs: por querer colocar em + de uma máquina, acho que a empresa tem uma quantidade razoável de notas, sendo assim melhor seria programas de terceiros).
Exemplo:
No programa de terceiros é automático na rede o controle da numeração das notas já emitidas e também o backup das informaçãoes (Arquivo XML devem ser guardados por 5 anos).
Já no programa do governo esse controle de numeração entre notas nas máquinas será manual e deve-se exportar o arquivo XML no ato da emissão para que caso venha a ter problemas no terminal local, possa recupera-lo em outra estação.
Ficando a seu critério essa forma de exportação e importação entre máquinas (Dia-a-dia, semanalmente, mensalmente).
Para baixar o programa emissor do Governo é só ir na página:
https://www.nfe.fazenda.gov.br
Na aba acima (Download) Emissor de NFe, os 2 primeiros aplicativos (Emissor em produção e teste) e é só seguir os passos.
Obs: se não tiver o java e pedirá para instalar. Também terá que fazer o procedimento de instalação em cada máquina.
Att.Emerson