Não há multa, segue base legal, leia o todo porem se atente ao Paragrafo Unico, onde diz que se for deferida isto será de forma automatica, ou seja se enviou e foi deferida não há o que se falar em multa por retificação ou substituição da STDA, note a seguir a base legal:
Portaria CAT 155/2010
CAPÍTULO III
DA SUBSTITUIÇÃO DA DECLARAÇÃO
Art. 6º - na hipótese de constatar a ocorrência de erro ou omissão no preenchimento da declaração já transmitida à Secretaria da Fazenda, o contribuinte deverá efetuar pedido de correção mediante o preenchimento e validação da declaração substitutiva - STDA-Substitutiva, por meio da internet, no endereço eletrônico https: //https://www.pfe.fazenda.sp.gov.br, com a utilização da senha de acesso ao Posto Fiscal Eletrônico -PFE, ficando a aceitação da substitutiva condicionada ao deferimento do pedido pela Secretaria da Fazenda.
Art. 7º - o pedido de substituição da declaração, quando implicar:
I - redução do valor do ICMS devido anteriormente declarado e:
a) tratando-se de débito não inscrito na dívida ativa, fica sujeito a exame e deferimento do Chefe do Posto Fiscal, que poderá solicitar a apresentação de livros fiscais ou a realização de verificações fiscais;
b) tratando-se de débito inscrito na dívida ativa, fica sujeito a exame e deferimento da Procuradoria Fiscal ou Procuradoria Regional competente e será encaminhado pelo Chefe do Posto Fiscal, com sua manifestação, podendo ser solicitadas as providências indicadas na alínea "a";
II - majoração do valor do imposto devido, anteriormente declarado, será deferido de plano.
Parágrafo único - na hipótese de deferimento do pedido de substituição da declaração, a declaração preenchida pelo contribuinte será automaticamente validada pela Secretaria da Fazenda.
Aproveitando para ampliar mais este entendimento segue o Comunicado CAT 39/2010:
COMUNICADO CAT N° 039, DE 21 DE DEZEMBRO DE 2010.
(DOE de 22.12.2010)
Esclarece sobre a cobrança de taxa para transmissão da Declaração do Simples Nacional relativa à Substituição Tributária e ao Diferencial de Alíquota – STDA-Substitutiva.
O Coordenador da Administração Tributária, considerando o disposto nos artigos 1º e 3º da Lei nº 7.645, de 23 de dezembro de 1991, e na Portaria CAT nº 155, de 24 de setembro de 2010, esclarece que:
1. Para fins de transmissão de arquivo substitutivo da Declaração do Simples Nacional relativa à Substituição Tributária e ao Diferencial de Alíquota–STDA, de que trata o artigo 6º da Portaria CAT nº 155, de 2010, não será cobrada a Taxa de Fiscalização e Serviços Diversos, instituída pela Lei nº 7.645, de 1991.
2. O deferimento da STDA-Substitutiva transmitida pelo contribuinte somente ocorrerá após os procedimentos previstos no Capitulo III da Portaria CAT nº 155, de 2010.
3. As STDA-Substitutivas que forem deferidas terão a sua situação alterada para “válida” e seu acompanhamento deverá ser feito por meio da internet, no endereço eletrônico https://www.pfe.fazenda.sp.gov.br, mediante indicação do protocolo de transmissão ou Inscrição Estadual e do ano de referência da declaração.