Contribuíção Iss - periodo sem contribuir

Boa tarde pessoal,
Tenho uma empresa registrada há uma ano como Pousada, mas que também atendo como Restaurante, pois fica localizado na Praia e assim se torna a minha maior arrecadação.
Recolho FGTS e INSS dos meus funcionários, mas não recolho mas imposto nenhum, pois o municipio não me forneceu Alvará de funcionamento. Em Dezembro consegui o Alvará, daí estou providenciando solicitar os talões de NF para poder pagar o ISS, como também alterar o meu contrato social, para incluir bar e restaurante e pagar ICMS.´
A dúvida é: e esse periodo que passei sem recolher nada, dá algum problema ?
E se eu vou ter que emitir 2 tipos de NF, serviços e vendas ?
Minha empresa é ME, enquadrada pelo simples Nacional.

Bom dia Gerente.
O fato de emitir uma NF com duas naturezas, (venda e serviços) não implica em nada na questão do enquadramento no SIMPLES, visto que é o valor do faturamento que determinará essa condição.

No tocante aos impostos, se a empresa esteve ativa e emitiu NF, é certo que deverá ser calculado e recolhido desde a primeira Nota. Na propria DAS, ja ocorrerá o calculo de diversos impostos inclusive do ISSQN. entretanto, é trabalho para o seu contador, pois precisa de certo conhecimento técnico, para fazer o correto enquadramento, observar a existencia de limites estaduais e municipais se existe, e alimentar o sistema.