Thiago, bom dia!
A guia que você quer emitir é de serviços tomados correto? A prefeitura de São Paulo solicita que quando o pagamento não tenha sido efetuado na data de vencimento e necessite ser recalculado a guia emitida anteriormente seja deletada para liberação de uma nova guia que será recalculada na sua nova emissão, caso precise fazer DAMSP aparte para recolhimentos não destacados e que sejam devidos ai deverá usar o gerador de guias DAMSP , verifique e confronte as notas fiscais eletrônicas com o relatório da prefeitura, para ter a certeza que estão correto os impostos destacados no mesmo, este relatório de serviços tomados é elaborado pela prefeitura mais quem indica o recolhimento ou não do imposto é o prestador, portanto poderá conter erros. Na guia elaborada pela prefeitura irá conter apenas notas fiscais eletrônicas caso haja outro tipo de notas fiscais de serviços que não sejam de são Paulo ou que não sejam eletrônica o imposto deverá ser recolhido pelo DAMSP.