Recolhimento de ISS na inscrição do prestador de s

Um contribuinte substituto de ISS em Salvador, efetuou o recolhimento do ISS no nome e na inscrição do prestador de serviço. como a NFe alimenta a base a Sefaz esta cobrando o ISS como não recolhido. Como fazer para alocar os pagamentos efetuados para o contribuinte substituto?
os referidos prestadores já não tem mais ligação comercial com o tomadfor, de forma que não existe apossibilidade de abater em um proximo pagamento e este utilizar o "credito" do recolhimento em seu nome.

Ninguem ainda passou por isso? é uma situação facil de acontecer, basta o financeiro da empresa se enganar e recolher errado.