Substituição Tributaria Para - São Paulo

Olá amigos boa tarde!!! Por favor gostaria de saber se alguem poderia me responder minha duvida - Tenho uma empresa aqui no interior de São Paulo que está adquirindo mercadorias para revenda do Estado do Pará - o que acontece é que a empresa do Pará - como está situada muito longe - recolhe o valor da ST por lá mesmo ( pois quem teria que recolher é a empresa de SP pois não tem convenio) e imbute o valor da ST nos valores dos produtos. O que ocorre é que quando a NFE chega os produtos constantes estão com os valores irreais pois estão com os valores agregados com a ST e quando vou pagar a diferença de aliquota também recolhe a maior. Por acaso alguem poderia me ajudar ou até opiniar sobre o que melhor seria a fazer. Gostaria também se possível me indicarem uma leitura sobre o assunto ST pois não é o meu forte. Obrigada