Boa tarde Katiuscia, o Tema da Substituição Tributária é bem complexo, mas vou tentar lhe passar algo.
Na sua primeira pergunta caso venha a GNRE recolhida você não recolhera o diferencial de aliquota, mas tem algum pontos que você devera observar;
# Em alguns caso pode-se ter em uma unica nota fiscal 3 guias (dificil imaginar) mas é possivil.
O primeiro caso seria a GNRE paga pelos fornecedores quando se tem convenio/protocolos entre os Estados referente a um determinado produto
O Segundo quando não se tem conveio/protocolos entre os Estado, mas o Estado obriga a fazer à Antecipação.
o Terceiro o diferencial de alíquota.
Como observa? A forma mais comum, com o documentos em mãos verifique os códigos de situação tributaria, caso os código venha com os respectivo código 10,30,70 (principais) esses código informa que ja tem o imposto cobrado (seja por GNRE ou retido na NFE),nesse caso você não devera recolher qualquer quantia de ICMS ( antecipação ou Dif. de Alíquota)
Caso seja outros código como 00,20,40(...) você devera se aprofundar mais, pois nesses caso poderá ter a incidência do Diferencial ou da Antecipação ou de ambos...
Referente a substituição aconselho que leia as seguinte legislação:
Artigo 310 ao 313 Z20 (ST), 426-A (antecipação), do RICMS/SP
Obs: O posicionamento dado foi com a ideia que os documentos base esteja na forma de emissão correta, pois me deparo com vários caso de erros nas notas fiscais dificultando o entendimento.
Espero ter ajudado um pouco, mas qualquer coisa me adiciona ou entre em contato
Abraço
Só existem dois dias no ano que nada pode ser feito. Um se chama ontem e o outro se chama amanhã, portanto hoje é o dia certo para amar, acreditar, fazer e principalmente viver. - ( Dalai Lama)