Marcelo, bom dia!
Vamos por parte. Ao transmitir a DIRPF com atraso, o próprio programa, no momento da transmissão, gera o DARF para pagamento. Caso isso não tenha acontecido, te aconselho procurar uma unidade da Receita Federal, para apuar o novo valor a ser recolhido, uma vez que o prazo de pagamento já expirou.
Aliás, sobre a multa, veja o que diz o site da Receita:
Multa por Atraso na Entrega
O contribuinte obrigado a apresentar a declaração, no caso de entrega após o prazo previsto, fica sujeito ao pagamento de multa por atraso, calculada da seguinte forma:
existindo imposto devido, multa de 1% ao mês-calendário ou fração de atraso, incidente sobre o imposto devido, ainda que integralmente pago, observados os valores mínimo de R$ 165,74 e máximo de 20% do imposto devido;
inexistindo imposto devido, multa de R$ 165,74.
A multa terá por termo inicial o primeiro dia subseqüente ao fixado para a entrega da declaração e por termo final o mês da entrega ou, no caso de não-apresentação, do lançamento de ofício.
A multa será objeto de lançamento de ofício. No caso de declaração com direito à restituição, a multa poderá ser deduzida do valor do imposto a ser restituído.
Não há a cobrança de multa para quem está desobrigado de apresentar a declaração.
Pagamento da Multa por Atraso na Entrega da DIRPF
O Darf (Documento de Arrecadação de Receitas Federais) para pagamento da multa pode ser emitido diretamente a partir do programa gerador da DIRPF, menu Declaração, opção Imprimir/Darf de Multa por Entrega em Atraso.
Francisco Délio