Implicações nos recolhimentos de impostos federais 

Bom dia a todos!

Trabalho no financeiro de uma empresa prestadora de serviços com cessão de mão-de-obra. Emito NFe's e estou familiarizado com todo o processo de emissão e cancelamento de notas fiscais. A minha dúvida é:
O que acontece com os impostos federais já recolhidos (Lucro Presumido), IR, Pis, Cofins, CSLL e Retenção à Previdência Social, quando uma nota fiscal é cancelada após estes recolhimentos efetuados? Ficam perdidos? São compensados em outros recolhimentos? Como?
A Prefeitura de S. Paulo permite cancelamento de notas fiscais no site até seis meses depois de emitidas, somente se o ISS não foi recolhido, depois disto apenas por processo administrativo. A nossa contabilidade não permite o cancelamento após o décimo dia do mês subsequente à emissão devido ao recolhimento destes impostos. Desculpe pelo tamanho da pergunta e se coloquei o tópico no lugar errado, sou novo neste "negócio de fórum".
Obrigado e fico no aguardo,

Gerson