Renata, bom dia
Se você emite fatura de locação, provavelmente não haverá retenção de ISS, inclusive para calculo do Simples Nacional deve-se deduzir o percentual do ISS da alíquota para apuração.
Qual o CNAE?
Se for somente locação, entendo que você deve tributar pelo Anexo III, e conforme citei, deduzir o percentual do ISS para calculo do Simples.
Esse fato procede uma vez que locação não é serviço, mas infelizmente nessa loucura tributária em que vivemos, cada município tem particularidades não previstas na Lei 116/03 de dar diretrizes sobre o ISS, então mesmo com minha resposta, minha sugestão é que você verifique na Prefeitura em questão o tratamento do ISS para locações.