Bom dia Marcelo,
Empresas do simples nacional não tem direito a se creditar do IPI, e nem geram direito ao crédito tributário, portanto quando há o destaque do IPI por parte do fornecedor da mercadoria, o IPI agregará o custo dos produtos.
Quanto a maneira de cadastrar pode variar de cada sistema, você deve consultar o programador e verificar qual a maneira correta de cadastrar produtos quando a empresa é do simples nacional.
Acredito que no momento da emissão da NF deve ser usado:
"O código de enquadramento é o 999, não existe uma legislação específica para o CST do IPI da empresa Optante pelo Simples:
CST 53 – "Saída não-tributada", no caso quando a empresa optante pelo Simples Nacional que não for contribuinte do IPI;
CST 99 – "Outras saídas", no caso quando a empresa for optante pelo Simples Nacional contribuinte do IPI. Preencher os campos da base de cálculo e alíquota do IPI com 0,00", e o valor do IPI com "0,00" . O valor será zerado porque a empresa não transfere crédito do IPI."