DISO - Regularização de obra

Sou proprietário de um barracão industrial que terminei de construir em 2015.
Após o término da obra recebi a carta de regularização.
Fui na RF e descobri que teria que pagar uma quantia de aproximadamente 20.000,00 pois durante a obra nada foi recolhido.
O agente da RF me aconselhou a fazer o pagamento espontâneo, assim dividiu o valor em 8 parcelas de 2.500,00

Após ter pago todo esse valor, quando voltei para regularizar, descobrimos que na verdade o valor a pagar era de 15.000, ou seja, paguei duas GPS a mais.

O agente da RF falou para usar o PER/DCOMP e solicitar a restituição do valor, mas neste programa a única forma de abrir opções compatíveis ao meu problema é quando no campo contribuinte eu escolho "PF Equiparada à empresa". Não sei se isso é certo.

Alguém pode me ajudar?
Nem sei se estou fazendo a coisa certa.

Desde já agradeço.

Boa tarde colegas,

Dei baixa em uma obra no final do ano passado em 12/2016 e saiu tudo bem. Porém quando foi agora, a nossa colaboradora responsável pela certidões ,observou que a obra tinha pendencia , porém a matricula não era a mesma e sim uma que se iniciava com 60. Achei estranho e resolvi ligar na Receita onde fiz a baixa, e a mesma me disse que quando se da baixa o próprio sistema gera automático essa matricula e que eu deveria fazer um requerimento solicitando a exclusão desse CEI.
É isso mesmo??
Já aconteceram com vocês???
Alguém pode me ajudar?