Frete na NF-E

A empresa em que trabalho faz entregas nos caminhões próprios cada um com documento em uma razão diferente. As entregas são feitas por apenas uma razão na NFE, quando dou saída na nota fiscal de venda, sabendo que o frete é por conta do emitente devo colocar valor para o mesmo ?
lembrando que a nota fiscal sai com uma razão e o caminhão está com registro em outra razão. O correto não seria apenas colocar na opção de frete, frete por conta do emitente e na aba de preço constar zerado?