Claudia, veja a resposta que encontrei no arquivo de perguntas frequentes disponibilizado no site sobre SPED.
11.1.14 - Notas Fiscais de Serviços
11.1.14.1 - Devo informar as Notas Fiscais de Serviços ou NFS-e na EFD-ICMS/IPI?
Não. As Notas Fiscais de Serviços ou NFS-e autorizadas exclusivamente pelas prefeituras cujos serviços estão sujeitos ao ISSQN não devem ser escrituradas na EFD-ICMS/IPI.
Fiz a mesma pergunta à SEFAZ/MS pelo Fale Conosco e a resposta foi a seguinte:
Bom dia!!!
Notas fiscais de serviços emitidas por prefeituras (ISS) não são escrituradas na EFD. Há confusão porque algumas prefeituras conseguem autorizar notas fiscais eletrônicas, mas estes documentos não se confundem com a NF-e.
No portal da NF-e ( www.nfe.fazenda.gov.br) temos a seguinte orientação quanto as notas fiscais conjugadas:
A Nota Fiscal Eletrônica de serviços das prefeituras segue o mesmo modelo da NF-e dos Estados?
Não. Algumas prefeituras já possuem modelo próprio de nota fiscal eletrônica de serviços, de uso restrito aos prestadores de serviço do município que estão sujeitos ao ISS - Imposto sobre Serviços.
É possível haver casos em que a mesma empresa seja contribuinte do ISS e do ICMS e, neste caso, deva emitir as notas fiscais eletrônicas de serviços e também seja credenciada para emitir nota fiscal eletrônica, que substitui as notas fiscais de mercadorias modelos 1 ou 1A.
A NF-e, modelo 55, é utilizada para acobertar operação de circulação de mercadorias ou uma prestação de serviços, ocorrida entre as partes. Sua validade jurídica é garantida pela assinatura digital do remetente (garantia de autoria e de integridade) e pela recepção, pelo Fisco, do documento eletrônico.
Simplificando, a NF-e (modelo 55) deve ser registrada na Escrituração Fiscal Digital.
Somente documentos relacionados ao ICMS e/ou IPI.
Suporte EFD.