Que loucura essa decisão judicial! O Imposto de Renda deve ser pago no momento do pagamento da renda tributável, conforme legislação, que prevê fato gerador no pagamento. Então a reclamada pagará com multa e juros?
Mas, entendi sua dúvida e entendi a resposta dos colegas: a RFB cruza as informações declaradas pela fonte pagadora (na DIRF) com a do contribuinte na (DIRPF). O ideal, por isso, continua sendo ter o informe de rendimento da reclamada, diante da possibilidade de malha por qualquer uma das partes. Se o contribuinte informa que recebeu esse valor e a reclamada não informou, a reclamada será cobrada. Se o contribuinte não informa ou informa diferente da reclamada, o contribuinte cai na malha.
Contudo, a postura certa da reclamante é informar a verba e o IR retido dela (já que temos o valor bruto e a retenção com base nesse valor). Lembrando que o valor informado é o bruto, a base de cálculo, e depois informamos o IR retido e o INSS dessa verba. Já a postura certa da reclamada, conforme legislação (acima da decisão judicial) é que ela tenha assumido a dívida de IR, declarando-a na DIRF que pagou a este contribuinte com retenção do IR, mesmo que não tenha feito o pagamento do imposto (e a reclamada paga depois com juros e multa, diante do fato gerador do imposto ser o pagamento). Sendo assim, mesmo que a reclamada só vá pagar depois o IR, é necessário saber o valor bruto o IR retido dessas parcelas recebidas e informar na declaração.
Só uma observação, embora o título da sua postagem fale em "Indenização trabalhista", toda verba a título de indenização não incide IR. Para a declaração, você precisa ter todas as verbas detalhadas (indenizatórias e tributáveis), inclusive com destaque de IR e INSS devidos nas verbas tributáveis para informar corretamente.