Olá Marcus!
Se ela atende os pacientes pela pessoa física e eles pagam diretamente a ela, sim, é necessário ser feito o registro pelo carnê-leão das receitas. Ela emitirá recibo para cada paciente e registrará o recebimento com o CPF de cada um.
Também, é importante que você registre as despesas dela como médica, relacionadas com a profissão.
Ou seja, aluguel do consultório, ISS de autônomo, INSS de Contribuinte Individual, energia e água do consultório, pagamentos a órgão de classe. Enfim, tudo inerente a profissão e permitido pela lei, pois isso reduzirá o valor dela a pagar mensalmente via carnê-leão e na Declaração de Ajuste você irá inserir as demais despesas permitidas.
Quanto ao valor que ela recebe trabalhando em sua Clínica é diferente.
Se os pacientes pagam para Clínica, não pagam a ela. É receita da empresa. Ela recebe pro labore mensal e dividendos. Esses serão incluídos apenas na declaração de ajuste.
Espero ter ajudado.
Abraço.