TRIBUTAÇÃO SN TRANSPORTE

BOA TARDE SE PODEREM ME ESCLARECER AGRADEÇO.

Usando o anexo:  Prestação de serviços exceto para o exterior - Não sujeitos ao fator “r” e tributados pelo Anexo III, sem retenção/substituição tributária de ISS,o sistema faz o calculo apenas do ISS, e pelo que vi a forma certa do calculo do imposto seria como a Luciana disse '' serão tributadas na forma do Anexo III, deduzida a parcela correspondente ao ISS e acrescida a parcela correspondente ao ICMS prevista no Anexo I", e conforme manual de perguntas  e resposta do simples nacional, o anexo:  “Prestação de serviços de comunicação; de transporte intermunicipal e interestadual de carga; e de transporte intermunicipal e interestadual de passageiros autorizados no inciso VI do art. 17 da LC 123”, faz o ajustes nos percentuais de ISS e ICMS automaticamente. Então a duvida é, qual anexo seria o correto? 
Se puderem me ajudar, Agradeço!

O que define é próprio tipo de documento utilizado
NFS-e é um documento fiscal autorizado pelo Município, serve apenas para o transporte dentro do município, é tributado pelo ISS.

Conhecimentos de Trasnporte (CT-e, CTe/Os, BP-e, NFTR Modelo 07) são utilizados no transporte intermunicipal, tributados pelo ICMS.

Então veja qual documento tem nas mãos, para lançar no local correto.

No caso a empresa emite CTE, 
Minha duvida é: Se escolho a opção Prestação de serviço, no pgDAS é recolhido o iss mais não o ICMS

e Serviço de comunicação, na guia é tributado  apenas o ICMS

Informe em serviços de comunicação, transporte etc pois é tributo pelo ICMS e não pelo ISS. 

Você não está seguindo o manual do PGDAS, que está bem claro como preencher os valores;

Página 20:
11 - Serviços de comunicação; de transporte intermunicipal e interestadual de carga; e de transporte intermunicipal
e interestadual de passageiros autorizados no inciso VI do art. 17 da LC 123, exceto para o exterior
• Transporte sem substituição tributária de ICMS (o substituto tributário deve utilizar essa opção)
• Transporte com substituição tributária de ICMS (o substituído tributário deve utilizar essa opção)
• Comunicação sem substituição tributária de ICMS (o substituto tributário deve utilizar essa opção)
• Comunicação com substituição tributária de ICMS (o substituído tributário deve utilizar essa opção)