Bom dia!
Essa atividade realmente está sujeita a retenção de IR. Segue trecho do Regulamento de Imposto de Renda:
"Seção II
Da representação comercial ou da mediação de negócios, propaganda e publicidade
Art. 718. Ficam sujeitas à incidência do imposto sobre a renda na fonte à alíquota de um e meio por cento, as importâncias pagas ou creditadas por pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas (Lei n° 7.450, de 1985, art. 53, caput, incisos I e II; e Lei n° 9.064, de 1995, art. 6°):
I - a título de comissões, corretagens ou outra remuneração pela representação comercial ou pela mediação na realização de negócios civis e comerciais; e
II - por serviços de propaganda e publicidade. "
Respondendo a pergunta: Sim, o critério de retenção deve ser seguido conforme a legislação.
A questão da empresa destacar na NF e não descontar no boleto, pode ser um erro na emissão dos documentos.
A sua empresa como tomadora do serviço, deverá alerta-los que o serviço prestado está sujeito a retenção e que eles devem emitir um novo boleto descontando o valor do IR. E sua empresa deverá pagar o DARF da retenção.