Posso emitir uma DANFE apenas para prestação de serviço utilizando o código 5.933?

Uma de nossas empresas faz emissão de notas fiscais por um sistema próprio, e é de pratica da empresa emitir nota conjugada, quando há mão
de obra. Então o sistema gera uma RPS que posteriormente é enviada em lote para o site da prefeitura.
O que acontece é que para um determinado cliente foi emitida uma DANFE apenas referente a prestação de serviço com o CFOP 5.933 e após isso
enviado a RPS para a prefeitura, ficando duas notas referente a mesma operação, sendo uma NFE e uma NFSe.
Por tanto esse cliente quer fazer a recusa dessa DANFE por entender que há duplicidade.
O problema é que isso vem ocorrendo desde janeiro então são muitas notas, e por mais que a DANFE com o CFOP 5.933 não tenha validade alguma tanto para o SEFAZ quanto para a prefeitura, são muitas notas e temos receio que isso chame atenção do fisco... Alguma dica ou sugestão de como devemos proceder?