NF de Prod Rural - integração Granja

Olá colegas, 
Hoje atendi um cliente, pra auxilia-lo na emissão de uma NFe de produtor rural (a primeira após a mudança da manual para eletrônica), de remuneração do sistema de parceria de granja de frangos, porém a empresa parceira já havia emitido uma NFe de entrada com CFOP 1456, e pediu pro produtor emitir uma saída CFOP 5456... esse era o procedimento quando era emitida a NF manual, que era emitia uma NFe para "registro eletrônico" referenciando a NFe manual do produtor. 
Até indaguei a responsável pelo recebimento dessa NF, a justificativa dela foi "é para uma conformidade do meu sistema"...


Pergunta:
1- Essa primeira NFe de entrada (compra) emitida por eles já fica registrado como uma venda do produtor perante a receita, se eu emitir uma NF de venda não seria considerado uma outra venda ou um segundo registro de uma mesma operação?
2- Questiono isso devido ao fato da receita estar monitorando, e se ela considerar cada nota uma operação diferente (obs: a nf de entrada ficou com emissão anterior a NF de saída), isso ira dar divergência na declaração de Ir do produtor? 

Boa Tarde,

1- Essa primeira NFe de entrada (compra) emitida por eles já fica registrado como uma venda do produtor perante a receita, se eu emitir uma NF de venda não seria considerado uma outra venda ou um segundo registro de uma mesma operação? Sim, é duplicidade. Mas, para vc se certificar, apure no sistema e veja se aparece 2 receitas. Se sim, exclua uma.

At. te