Bom dia, Silvia!
Em regra, a NF de simples faturamento (CFOP 1.922) não representa a efetiva entrada da mercadoria no estabelecimento. Ela apenas documenta uma operação em que o faturamento ocorre antes da entrega física.
Assim, isoladamente, essa nota não caracteriza a aquisição do estoque, de modo que não é ela que gera o custo dedutível para fins de IRPJ e CSLL.
O reconhecimento do estoque e, posteriormente, do custo das mercadorias, ocorre quando há a efetiva entrega da mercadoria, normalmente documentada pela nota de remessa correspondente (por exemplo, CFOP 1.116, quando aplicável à operação).
Se a empresa estiver apropriando o custo com base apenas na NF de simples faturamento, pode ocorrer:
antecipação indevida do reconhecimento do estoque e do custo;
distorção do resultado do período;
diferença entre a escrituração contábil/fiscal e a efetiva circulação da mercadoria;
eventual glosa em fiscalização, caso fique caracterizado que o custo foi deduzido antes de sua realização.
A análise, porém, depende de alguns fatores, como:
se a empresa está no Lucro Real ou Lucro Presumido;
qual é a operação (venda para entrega futura, compra para entrega futura etc.);
como está sendo feita a contabilização (estoque, fornecedores, mercadorias em trânsito etc.).