Dúvida: Emito NF-S ou NF-e?

Senhores, boa noite! Estou com uma certa dificuldade de saber qual operação fiscal devo seguir. Tenho duas situações, desde janeiro de 2011, a cidade obrigou a nossa empresa a emitir NF-S, e somente alguns clientes aceitam. E junto, ao posto fiscal eles me notificam que a Prefeitura está errada, que deve ser emitida NF-e. Acontece que nós trabalhamos com farmácia de manipulação, e compramos os medicamentos com registro tudo certinho em distribuidoras (químicas).
Na nossa farmácia manipulamos os remédios e quitamos (lançamos) as gramas utilizadas tanto na nota quanto em nosso estoque;
Junto com isso, ao emitir uma das notas pro nossos clientes, lançamos o total de "pó ou origem" utilizado para manipular tal remédio.
Porém, o que tem ocorrido muito é a fiscalização municipal aparecer e me notificar que estou fazendo a operação errada, que eu devo emitir a NF-S. Enfim, mesmo que sejamos uma empresa do Simples Nacional, estamos com muitas dúvidas. Pois, a fiscalização da Receita me notifica outra coisa. Enfim, a medida que passa, ainda continuo emitindo meio-a-meio, metade em notas de NF-S e metada em notas tipo NF-e.
Com certeza, para mim seria muito vantajoso emitir a NF-S, pois o imposto é bem menor que na NF-e.
Porém, com isso, quando vendemos um lote de medicamento manipulado para alguma empresa grande ou rede de farmácias, nem sempre aceitam as notas tipo NF-S, pois eles alegam que precisam de notas com operação tipo "ENTRADA".
Assim, acabo tendo que cancelar a NF-S, e emitir a NF-e (mesmo que eu tenha feito um preço de venda bem legal e considerando arrecadar o imposto municipal).
Senhores, peço ajuda pela seguinte questão, existe alguma operação que seja correta e possa me beneficiar também?
Quem sabe, alguma nota de Remessa sob a matéria-prima sem contribuição tributária ou geração de fatura.
Daí, ainda assim eu emito a NF-S, porém para saída desta mercadoria, alego que esta tal nota de Remessa pode dar entrada no livro e no estoque sem problema nenhum;
Conto com a ajuda dos senhores para resolver este problemão;

Porque voce nao tira uma NF-e e nela consta o serviço. Tem como. Voce coloca os insumos como venda, e o sita o serviço na NFe

Então, tentei argumentar isso com a prefeitura, e não aceitaram. Falaram que na verdade a operação que faço retém imposto direto com a prefeitura, pois eu sou um prestador de serviço do município e não do estado. E se eu fizer NF-e eu retenho pro estado, e só depois vem o repasse para eles.
Enfim, burocrático p/ dedeu!

Acho que nesse caso teria que emitir uma nota de saída do produto industrializado(NF-E) e outra referente o serviço prestado na industrialização do produto (NF-S), dividindo o valor total parcialmente entre as duas NFs

até porque se emitir tudo como serviço, os produtos que entram para ser industrializados ficarão em estoque, sendo que já foram vendidos.