Rafael
O benefício do transporte é concedido através da aquisição, pelo empregador, dos vales-transportes; ou através de meios próprios ou contratados, em veículos adequados ao transporte coletivo (Lei 7.418/85, art. 4 e 6).
O Decreto 95.247/87, em seu artigo 5º deixa claro a proibição do pagamento em espécie, conforme segue:
Art. 5° É vedado ao empregador substituir o Vale-Transporte por antecipação em dinheiro ou qualquer outra forma de pagamento, ressalvado o disposto no parágrafo único deste artigo.
Parágrafo único. No caso de falta ou insuficiência de
estoque de Vale-Transporte, necessário ao atendimento da demanda e ao funcionamento do sistema, o beneficiário será ressarcido pelo empregador, na
folha de pagamento imediata, da parcela correspondente, quando tiver efetuado, por conta própria, a despesa para seu deslocamento.
Se está sendo dado como "ajuda de custo", deixou de ser vale transporte e não há que se falar em desconto de 6%.