Andrea, pelo que entendi o sindicato irá fazer o repasse do valor do FGTS e demais encargos para vocês, não é isso não? Neste caso você iriam continuar fazendo a informação normalmente.
Durante o período que ele estiver exercendo o mandado e não tiver como exercer as atividades como empregado da empresa, seria considerado como licença não remunerada. Assim sendo, entendo que teria direito ao 13º somente dos meses em que trabalhar efetivamente mais de 14 dias.
Já as férias, deverá observar o inciso II do art. 130 da CLT que prevê nos casos de licença com percepção de salários por mais de 30 dias perderá as férias. Desta forma, se ele se ausentar por mais de 30 dias durante o período aquisitivo das férias iria perdê-las
Assim penso eu.
Todavia, poderá entrar em contato com o jurídico do sindicato a fim de dirimir a questão
Aqui tem uma leitura bem leve: clique aqui