Nathalia, e as movimentações trabalhistas, alterações de salários, ou afastamentos, não há nada com data posterior ás férias? Tudo que tiver com data posterior, tem que ser excluido, do contrario não dará certo.
Acabei de fazer no meu e consegui, aliás, até lhe agradeço por ter informado o seu problema, pois eu tinha o mesmo e mais pra frente teria esse erro. As férias eram no mês 3/2016, reabri todas as folhas sem excluir os pagamentos até o mês 3, exclui as movimentações posteriores a esta data, abri o período de gozo de férias que estava escrito em vermelho (não concluido), cliquei em cima desse escrito em vermelho e desci até o fim da tela, cliquei no terceiro botão, "SALVAR SEM ALTERAÇÕES", ai cliquei em não gerar o recibo na tela que abriu, depois cliquei em voltar, ai já notei que o q estava aparecendo em vermelho já havia ficado na cor laranja, representando que as férias estavam concluidas. fechei a folha do mês 03/2016 novamente, bateu certinho com o valor de antes, ai antes de fechar o mês 4, entrei no cadastro do trabalhador e alterei o salário a partir de 01/04/2016, ai continuei a fechar todas as folhas e deu tudo certo até o final.
Foi isto que fiz, espero ter ajudado e novamente agradeço pela informação do erro, axo que todo mundo deve conferir os funcionários que tem férias cadastradas no e-social com este problema que vc citou, pois todos teremos problemas futuros se não forem concluidas essas férias.