Roberta Rodrigues, boa tarde!
Como é afastamento não relacionado ao trabalho, você deve informar a rubrica eSocial1000 - Salário 0,00 e encerrar a folha normalmente, segue o que as orientações do próprio E-Social:
"Os casos de afastamentos por doenças não relacionadas ao trabalho não devem ser informados na folha de pagamento. considerando-se que para este tipo de afastamento a remuneração não é base de cálculo para contribuição previdenciária e o trabalhador não faz jus ao FGTS" - Informação Retirada do Manual do E-Social.
"Para trabalhadores domésticos que não tiveram remuneração no mês (afastados por motivo de doença não relacionada ao trabalho, por exemplo), o empregador deverá abrir a folha de pagamento, clicar sobre o nome do trabalhador e informar o valor R$ 0,00 (zero) na rubrica “eSocial1000 – Salário”. Após concluir o pagamento, o empregador deverá realizar normalmente o encerramento da folha de pagamento.
Caso tenha apenas esse empregado, não haverá geração de DAE nessa competência, pois não haverá tributos a recolher (base de cálculo zerada)." - Informação Retirada do Manual do E-Social.
E no mês 11/2016 irá informar a rubrica eSocial1800 - 13º salário - Adiantamento com o valor pago a ela referente a 1º Parcela do 13º Salário