Regina do Carmo Oliveira,
MEI so pode ter apenas um funcionario registrado ai e o caso de ver a questão do faturamento dela pra ver se ja compensa a mesma se enquadrar logo no simples nacional, para poder registrar esses 2 funcionarios.
Seu questionamento por ordem;
1- E chamar cada funcionario e conversa expor a sua situação da empresa e tentar entrar em um acordo, assinar a ctps deles mesmo retroativo, pois não tem outro meio, agora lembrando que essa conversa com os funcionarios tem que ser bem explicada informa quais são os direitos deles que vai fazer o recolhimento do fgts etc...enfim verificar quanto tempo eles ja estão trabalhando avulso e ver o que eles ja ganharam e fazer o levantamento do que nao foi recolhido, colocar tudo dentro da legalidade.
2- So em voce ir para audiencias ja e um saco, sem falar que geralmente quando um funcionario coloca a empresa ja justiça cobra até coisas que não deve, muitos acham que vão ficar ricos, querendo ou não e bem pior ir entrar em um acordo com os mesmos na justiça sem falar que voce vai pagar um preço bem mais caro do que realmente e para pagar.
Converse com sua amiga, e verifique a melhor forma pra esta resolvendo essas pendencias