Bom dia.
Quando o funcionário tem dois nº de PIS, você deve se informar na Caixa qual o Pis ativo do funcionário.
Se o Pis ativo é o que você possui, e foi feito os recolhimento e informado na SEFIP esse Pis, somente continue normalmente a fazer a folha como já vinha sendo feita.
Caso o contrário, se o Pis que você possui não é o Pis Ativo, aconselho a providenciar a alteração para o Pis Ativo, porque por mais que você consiga recolher o FGTS nesse Pis, com certeza mais pra frente irá causar algum transtorno ao trabalhador principalmente no ato da rescisão e de encaminha o seguro desemprego.
Para alterar a conta do FGTS para o Pis Ativo, você deve providenciar uma RDT. Quanto a previdência, a única maneira de alterar para o Pis Ativo, seria reenviar o arquivo na SEFIP para cada competência que foi informada o outro Pis.
O pessoal do Inss aqui, me informo que não existe essa necessidade porque na hora de se aposentar ou algum outro benefício, eles vão consultar os dois Pis.
Att,