Caina de Jesus Cruz bom dia!
FGTS é uma obrigação do empregado e um direito adquirido do empregado, acho difícil conseguir homologar essa rescisão sem os deposito do fgts ainda que o trabalhador declare que abre mão de tal.
CLT,Art. 444 - As relações contratuais de trabalho podem ser objeto de livre estipulação das partes interessadas em tudo quanto não contravenha às disposições de proteção ao trabalho, aos contratos coletivos que lhes sejam aplicáveis e às decisões das autoridades competentes.
Art. 468 - Nos contratos individuais de trabalho só é lícita a alteração das respectivas condições por mútuo consentimento, e ainda assim desde que não resultem, direta ou indiretamente, prejuízos ao empregado, sob pena de nulidade da cláusula infringente desta garantia.