Complementando a informação da Marilene, recomendo que seja feito um documento assinado pelas 3 partes (empregado e as duas empresas, mesmo que seja o mesmo representante) e registrado em cartório.
Faça constar nesse documento que as três partes concordam com a transferencia e que o empregado não será prejudicado em nenhum de seus direitos e que a sucessora concorda em assumir todos os encargos trabalhistas, inclusive o PASSIVO.
Como as empresas são de CNPJ diferentes, a cópia autenticada desse documento servirá para solicitar a transferencia da conta do FGTS do empregado lá na Caixa, através do formulário PTC.
Aí vc inclui ele na GFIP da empresa nova com o código correspondente (N3) e exclui ele da empresa antiga, com o código correspondente (N2).