Saudações Vanessa,
Segue o Artigo 469 da CLT - Da transferência provisória do empregado
Art. 469 - Ao empregador é vedado transferir o empregado, sem a sua anuência, para localidade diversa da que resultar do contrato, não se considerando transferência a que não acarretar necessariamente a mudança do seu domicílio .
§ 1º - Não estão compreendidos na proibição deste artigo: os empregados que exerçam cargo de confiança e aqueles cujos contratos tenham como condição, implícita ou explícita, a transferência, quando esta decorra de real necessidade de serviço. (Redação dada pela Lei nº 6.203, de 17.4.1975)
§ 2º - É licita a transferência quando ocorrer extinção do estabelecimento em que trabalhar o empregado.
§ 3º - Em caso de necessidade de serviço o empregador poderá transferir o empregado para localidade diversa da que resultar do contrato, não obstante as restrições do artigo anterior, mas, nesse caso, ficará obrigado a um pagamento suplementar, nunca inferior a 25% (vinte e cinco por cento) dos salários que o empregado percebia naquela localidade, enquanto durar essa situação. (Parágrafo incluído pela Lei nº 6.203, de 17.4.1975)
Dê uma lida nesse artigo da CLT e analise sua situação.
Conforme seu relato e observando a lei, o que faltou na verdade foi comunicação (carta, contrato, anotação em carteira, etc) entre a empresa e o trabalhador. No seu caso, segundo o que você relatou até agora, a empresa não precisa "acertar" nada com você - acredito que você esteja falando de rescisão contratual.
Com respeito ao FGTS, não há problema se estão vindo da empresa A ou B. O importante é que estejam sendo recolhidos.
Quando o @Carlos Alberto dos Santos falou que 'a empresa A irá assumir todo o periodo da empresa B', ele estava se referindo aos seus direitos adquiridos: férias, 13º, etc. Por exemplo, se você trabalhou 6 meses na empresa A, foi transferida para empresa B e trabalhou mais 6 meses. Quando for transferida para empresa A novamente, você vai continuar com os 12 meses de tempo de serviço. Agora a empresa A tem a responsabilidade de lhe conceder e pagar as férias.