Rescisão por acordo judicial

Pessoal, Bom dia!

Um funcionário entrou com ação trabalhista no mês de setembro ainda trabalhando.
Lançamos falta proporcional no mês de setembro, e falta para o mês todo em outubro.
Foi realizado o acordo essa semana e o juíz determinou a baixa na CTPS do funcionário o ultimo dia trabalhado , dia 10/09.
Não será realizado rescisão, pois irá receber o valor acordado, só a baixa no sistema e recebera o Fgts e o SD através de alvará. 
Minha questão é, como procedo na folha de setembro e outubro que já fechei ? Faço retroativo essa dispensa no sistema ou faço com a data do acordo em novembro ?

Carls,

Você devera fazer de acordo com o sentença judicial, retroativo você deverá fazer a correção de setembro e outubro.