Luis,
Veja com a funcionaria a procurar a empresa antiga se realmente foi feito o procedimento todo, verbas rescisórias, recebimento da chave da liberação do FGTS etc... acredito que esqueceram de dar baixa somente na CTPS da mesma, creio eu que deve ter acontecido isso. Se foi realmente somente esquecimento de ter anotado e a data retroativa mesmo.
Ou pode ter acontecido a funcionaria deve ter saído abandono de emprego e não foi dado baixa em nada mesmo, isso aconteceu recentemente com dois clientes.