Cara Eloina, boa noite.
A situação é mesmo delicada, principalmente se levarmos em consideração os vários estágios percorridos (admissão, Caged, confecção da folha de pagamento, emissão do cheque, assinatura do empregador), sem que o erro fosse detectado tempestivamente.
Bem, o que sugiro seria conversar com o funcionário para saber dele, se o salário combinado foi realmente aquém do que aquele pago.
Caso sim, o mesmo faria uma declaração expondo o erro e então voce faria as retificações necessárias, cfe exposto nesse link, a fim de se resguardar.
Vejo que na verdade, não estará havendo redução do salário do referido funcionário (haja vista que foram pagos somente 15 dias de salário), e sim, retificando um acordo salarial previamente combinado.
Mas essas providências só terão efeito mais efetivo, diante da declaração fornecida pelo funcionário... e nunca seria demais diante de duas testemunhas.
E a título de sugestão, (diante da plena convição do erro cometido), melhor seria emitir outra folha, deixando constar o excedente como horas extras, gratificações, a fim de não alterar as bases de cálculo do INSS e do FGTS.
Por fim, não se esqueça de alterar o CAGED.
Boa sorte!!!
Hugo.